Catalina Notes

2013-11-19

Jena エラーメッセージ対処法

Apache Jenaのエラーメッセージの説明と対処法。

already closed

model操作時に現れるエラーメッセージ。
model.close() が実行されると、リソースが開放されてしまい、それ以降ではmodelを参照できない。
スレッドでclose()が呼び出されていないかどうか要チェック。

Exception in thread "main" com.hp.hpl.jena.shared.ClosedException: already closed

2013-10-30

JavaでSQLiteを使う

RDBM(Relational DataBase Management System)には、MySQLをはじめいくつかのソフトウェアがあるが、個人で開発を行うような小中規模なアプリケーションではSQLiteがオススメだ。

Javaからデータベースを操作するためには、それぞれのRDBM用のJDBC(Java DataBase Connectivity)というAPIを用いる。

SQLiteをコマンドラインで使う

SQLite公式DownloadPageから環境に合わせた"command-line shell"をダウンロードし、適当なディレクトリに解凍する。インストールは以上。

sqlite3.exeを実行し、コマンドを叩く。
コマンドについては参考URLを参照。

SQLiteをJavaから呼び出す

SQLite-JDBCのダウンロードページから最新バージョンの*.jarファイルをダウンロードする。適当なディレクトリに解凍する。
classファイル実行時のクラスパスにjarファイルを含める（IDEではプロジェクトのライブラリにjarファイルを追加する）。

SQLite-JDBCのサンプルプログラムがわかりやすい。

参考

SQLite公式
愚鈍人 JavaとSQLiteデータベース
DBOnline SQLite入門
sqlite-jdbc配布ページ

2013-10-23

Jarファイルのメインクラスを確認する

Jarファイルのメインクラスの確認の仕方

次のいずれかの方法でJarファイルを解凍する
- 拡張子を.jarから.zipに変更して解凍
- コマンドラインで以下のコマンドを実行
  >jar tvf JarTest.jar
META=INF\MANIFEST.MF
を開く
Main-Class:
以降に書かれているのがメインクラスである。
メインクラスが指定されていない場合は、手動でメインクラスを記述することで、コマンドラインから実行できるJarファイルにすることができる。

2013-09-14

VirtuosoにYAGOをロードする

Windows環境にOpenLink Virtuosoをインストールし、YAGOオントロジーをロードする。

Virtuosoのセットアップ

OpenLinkのDonwloadページから"Pre-built binaries for Windows"をダウンロードし展開し、適当なディレクトリに設置する。
virtuoso-opensource\database\virtuoso.iniを編集する（環境に応じて設定すること）
//Stripingを有効にする（DBのロードが速くなる模様）
Striping = 0

//DirsAllowedの末尾にyagoディレクトリを追加
DirsAllowed = ., ../vad, ../yago

//81行目以降のメモリ設定をマシンスペックに応じて設定する（例：16GB）
;; Uncomment next two lines if there is 16 GB system memory free
NumberOfBuffers = 1360000
MaxDirtyBuffers = 1000000
システム環境変数に以下を加える：
変数名：VIRTUOSO_HOME　　値：virtuosoのインストールディレクトリ
システム環境変数PATHの末尾に次を追加する：
;%VIRTUOSO_HOME%\bin;%VIRTUOSO_HOME%\lib
コマンドプロンプトを開き、以下のコマンドを実行する
cd %VIRTUOSO_HOME%\database
続いて、以下のコマンドを実行する
virtuoso-t -?
正しくインストールされていれば、適当なメッセージが表示される。
serviceを作成する ※"Instance Name"は任意の名前が可
（消去する際は"screate"の代わりに"delete"を用いる）
virtuoso-t +service screate +instance "Instance Name" +configfile virtuoso.ini
以下のコマンドを実行して、サービスが登録されていれば問題なし
virtuoso-t +service list
サービスを開始する
（終了する場合は "start" の代わりに "stop" を用いる）
virtuoso-t -I "Instance Name" +service start

正常にセットアップが完了していれば、http://localhost:8890/conductorから管理画面に入ることができる。
初期ユーザー名とパスワードはともに'dba'。

YAGOのダウンロード

YAGOのダウンロードページから"Download YAGO2s ontology in .ttl format! (2.2 Gb compressed, 18.5 Gb uncompressed) "を選択しダウンロードする。
ファイルを展開し、VIRTUOSO_HOME\yago に設置する

RDFのVirtuosoへのロード

コマンドプロンプトを開き、isqlと実行する
isqlの対話モードになったら、以下のコマンドを実行する
※http://abcde.orgは任意のGragh IRIに設定する
SQL> ld_dir ('../yago', '*.ttl', 'http://abcde.org');
Load Listを確認する
SQL> select * from DB.DBA.load_list;
YAGOの.ttlファイルが表示され、ll_stateが0となっていればOK（1：ロード中、2:ロード完了）
ロードを開始する
※このコードの実行には非常に時間がかかる（１～２日）
SQL> rdf_loader_run();
※Loaderは複数実行できるようなので、以下の様なbatファイルをつくり実行しても可。この方が早く完了するかもしれない。
bulk_load.bat
start isql 1111 dba dba exec="rdf_loader_run();"
start isql 1111 dba dba exec="rdf_loader_run();"
start isql 1111 dba dba exec="rdf_loader_run();"
start isql 1111 dba dba exec="rdf_loader_run();"
start isql 1111 dba dba exec="rdf_loader_run();"
start isql 1111 dba dba exec="rdf_loader_run();"
start isql 1111 dba dba exec="rdf_loader_run();"
上のロードが全て完了したら、Load Listでステータスを確認する
SQL> select * from DB.DBA.load_list;

SPARQLクエリを投げる

上記の設定がすべて完了すれば、SPARQLインタフェースなどでYAGOにアクセスすることができる。
http://localhost:8890/sparql/からSPARQLインタフェースを開ける。

サンプルクエリ

SELECT * WHERE {<http://yago-knowledge.org/resource/Albert_Einstein> ?p ?o}

参考

OpenLink Virtuoso - Using Virtuoso Open-Source Edition on Windows YAGO

2013-09-04

HTTPでSPARQLクエリを投げる

DBpediaなどでは、オントロジーののアクセスポイントとしてVirtuosoを採用している。
VirtuosoにはHTTP経由でクエリを投げることができる。
以下は実装例。

import com.hp.hpl.jena.query.*;
import com.hp.hpl.jena.rdf.model.RDFNode;
import com.hp.hpl.jena.sparql.util.StringUtils;

public class Virtuoso {

    public static void main(String[] args) {
        String service = "http://dbpedia.org/sparql";
        String queryString = 
                "PREFIX rdfs:  "+
                "SELECT ?x ?y "+
                "WHERE {?x rdfs:label ?y}";
        Query query = QueryFactory.create(queryString);
        
        QueryExecution qe = QueryExecutionFactory.sparqlService(service, query);
        try {
            ResultSet results = qe.execSelect();
            for (; results.hasNext();) {
                QuerySolution soln = results.nextSolution();
                RDFNode x = soln.get("x");
                RDFNode y = soln.get("y");
                System.out.println(x.toString());
                System.out.println(y.toString());
            }
        } catch (Exception e) {
            System.out.println("Query error:" + e);
        } finally {
            qe.close();
        }
    }
}

2013-08-25

Linuxで空き領域を完全消去

ファイルの復元を防ぐため、ファイルシステム上の空き領域を完全消去する。

Step1:パーティションの空き領域を確認する
Step2:空き領域分のダミーファイルを作成する
Step3:ダミーファイルをshredする

作業手順

以下のコマンドで空き領域を確認する。

$ df
Filesystem     1K-blocks    Used Available Use% Mounted on
/dev/sda1       19609276 4506940  14106240  25% /
udev              505076       4    505072   1% /dev
tmpfs             204956     788    204168   1% /run
none                5120       0      5120   0% /run/lock
none              512384     156    512228   1% /run/shm

空き領域をメモする。
(ここでは14106240)

空き領域するに応じたダミーファイルを作成する。
(空き領域の算出：14106240/1024=13775)
$dd if=/dev/zero/ of=tempfile bs=1M count=13775
(dfコマンドで空き領域を確認する)
shredコマンドで消去する。
$shred -uvz tempfile

2013-08-05

ポスター印刷の方法

画像や文書を複数の紙に分割して印刷（ポスター印刷）する方法。

画像ファイル

ペイントを使う

画像をペイントで開く
ファイル - 印刷 - ページ設定
「拡大縮小」の「合わせる」で2x1ページ（適宜応じて）に変更
印刷の向きを適宜調節
印刷プレビューで確認

pdfファイル

Adobe Readerを使う

印刷ページでポスターを選択

参考

ITmediaエンタープライズ　画像を分割して拡大印刷したい

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